新湘军的再次大败和河防之策的彻底破产，给官文抓到了报复的把柄。官文现在处于极为有利的形势：京师本来就有一大批曾氏兄弟的反对派，他们之中一部分出于正统观念，认为一家兄弟两人手握重兵，位居督抚，且功盖天下，不是国家之福，尽管有裁军自抑之举，仍是隐患。这中间有满人、蒙人，也有不少汉人。一部分是嫉妒眼红。这中间多为满蒙亲贵，自己无能，却又不让别人发挥才干，便以汉人宜防的祖训，不断地提醒规劝太后、皇上。现在曾氏兄弟军事失败了，这两部分人自觉地结合起来，要求朝廷乘机制裁他们一下，以示天威而杜异心。官文本人位高权重，钱多势大，他并不买曾国藩密保的账，指使、收买一批言官上书弹劾，要求朝廷收回钦差大臣之命，罢曾国藩的两江总督之职。就这样，短短的半个月内，曾国藩一连接到军机处寄来的两道严责上谕和御史穆辑香阿、阿凌阿等五人措词强硬的参劾抄件，面临着带兵十多年以来，直接针对他而来的最险恶的政治形势。五十六岁的曾国藩，在经历过一番极度的痛苦之后，头脑异乎寻常地冷静下来。
他反复对河防之策进行自我检讨，又重新翻阅《明史》，细心研究明末官军对付高迎祥、李自成的办法。高、李的部队是继黄巢之后，最有成就的流动作战的军队，明朝官军将领们，包括能干的杨嗣昌都无法对付，大明王朝最终就栽在李自成的手里。这中间只有一个人最有本事，那就是孙传庭，而孙传庭的制胜之策便是围堵。捻军也是流寇，而自己所采取的沙河、贾鲁河、淮河沿线包围的战略，与孙传庭的办法是一致的。曾国藩坚信河防之策是正确的，决不能因一次失利而予以否定。但现在朝野一片聒噪，似不给他以总结教训再决胜负的机会。对于这个现象背后的一切，曾国藩洞若观火。他不再像咸丰初年初出茅庐时的一味蛮干，硬拚到底，也不再像打下金陵后成天如同履薄临深，为防功高震主而不顾一切地自我裁抑，他这次要跟朝廷软顶一场。
曾国藩用的依然是老子以退为进的办法。他借病重难速痊为由，上疏太后、皇上，请开协办大学士、两江总督之缺，并请另简钦差大臣接办军务，自己以散员留营效力，不主调度。又附片奏河防失败，剿捻无效，请将一等毅勇侯封爵注销，以明自贬之义。
奏疏拟好后，赵烈文、汪士铎、薛福成等人都劝他不必如此。担心朝廷会像咸丰八年那样顺水推舟，全部接受。曾国藩执意拜发。他并非意气办事，他有自己的深沉思考。
捻军势力仍很强大，一日不平息，太后、皇上就一日不会安宁。自从僧格林沁死后，绿营、旗兵再没有一支部队可以独任此事，平捻，非湘淮军莫属。淮军五万精兵，天下无出其右，湘军陆师力量虽弱些，而二万长江水师却仍然是一支强大的力量。所有这些军事力量，其实就是他和李鸿章的私家武装。因此，朝廷目前要完全抛开他是不可能的。就是起用李鸿章为钦差大臣，湘军水陆两支人马也不会服服帖帖听李鸿章的话，还得他点头才是。这便是曾国藩对自己力量的信心所在。即使退一万步讲，朝廷绝情绝义，不顾后果将他开缺，他也不再留恋，立即挈眷回荷叶塘。他甚至后悔，早知有今日，不如当初打下金陵就与老九一起辞官回家为好。
《曾国藩年谱》"同治五年"一节中写道："是岁言论劾公办理不善者有御史朱镇、卢士杰、朱学笃等疏，皆奉寄谕抄发。御史穆辑香阿奏督师日久无功请量加谴责一疏……是否，又有御史阿凌阿劾公骄妄各款，亦奉旨辨斥。公念权位所在，众责所归，惕然不敢安焉。"中国封建社会最后一位女主，毕竟不是等闲之辈。她主持朝政已逾六年，比起"叔嫂合谋"的三年前来，显然要成熟多了。她曾经下过大力气对朝中的大学士、六部尚书侍郎、军机大臣，以及各省的督抚一个个地作过深入的研究。其中，对曾国藩所下的功夫最多。自道光十八年点翰林以来，三十年间曾国藩每年做的事情及年终考评密语，宫中都完整地保存着。慈禧全部调来审阅。再加上这几年的直接交道，尽管从来没有见过面，关于这个为保卫她儿子的江山，立下了汗马功劳的书生出身的汉大臣的一切长处短处，心性品行，她已有了一个基本认识。她知道，曾国藩要求开缺江督、注销侯爵云云，都不过是对朝廷的批评和御史的参劾表示不满而已。在慈禧的心目中，这个年老的湘军统帅和他所统辖的湘军一样，已经暮气深重，不能再留在前线了，希望只能寄托在年富力强的李鸿章和方兴未艾的淮军身上。按慈禧的意思，军机处拟了一道上谕：
年余以来，曾国藩所派将领驰驱东、豫、楚、皖等省，不遗余力，歼贼亦颇不少，虽未能遽蒇全功，亦非贻误军情者可比。御史穆辑香阿等人之疏着毋庸议。曾国藩着回两江总督本位。湖广总督、暂署两江总督李鸿章着授为钦差大臣，专办剿捻事宜。朝廷赏功之典具有权衡，该大臣援古人自贬之义，请暂注销侯爵，着毋庸议。
上谕到了曾国藩手里，他心中甚为不快。太后、皇上虽作安抚，实际上仍认为他剿捻无能，逼令他离开前线。他不服气，又上一折：钦差大臣关防已赍送徐州交李鸿章祗领。钦奉谕旨，饬臣回本位。臣自度病体不能胜两江总督之任，若离营回署，又恐不免畏难取巧之讥。请仍在军营照料一切，维系湘淮军心，庶不乖古人尽瘁之义。
为表示自己的决心，曾国藩将朝廷颁发的两江总督和一等毅勇侯两颗铜印封起来，另刻木质关防一颗："协办大学士两江总督一等侯行营关防"。并将此事附片上奏。
慈禧太后看完这道奏折后微微一笑，命军机处再拟旨：
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