而在这个时候广东形势日渐颓废不堪。
永历四年（公元1650年）春天尚可喜、耿仲明在占领南雄、韶关之后，随即率军兵围广州，李元栋副将，现在广东巡抚杜永和率兵驻守广州城。
面对广州高大城墙尚可喜、耿仲明在攻城不利之后采取围城的方式，一面挖壕沟一面收编海盗以图攻破城。
退回梧州的永历帝则一面清算东勋集团以巩固自己统治，而另一方面则派出援军以图解广州之围。
在肇庆的时候，那些追随李成栋反正的功臣，如袁彭年、刘湘客、丁时魁、金堡、蒙正发等人因为借助李成栋的势力掌握朝政(由于楚人较多，被称为楚党)，与那些拥立永历帝的勋臣(由于吴人较多，人称吴党)发生矛盾，过去李成栋尚在，大家还在李成栋军队卵翼下生活如此方可忍受楚党的非难。
现在逃出李成栋势力范围之后，吴党众人吴贞毓、万翱、程源、张孝起等人上疏弹劾袁彭年等人，称袁彭年为“虎头”，刘湘客为“虎皮”，金堡为“虎牙”，丁时魁为“虎尾”，蒙正发为“虎爪”，永历帝当即令人将刘湘客等人逮捕归案，一个个暴打一气之后全部流放。
当然在处理的时候永历帝也颇为顾全李元胤的面子，与李元胤关系甚佳的袁彭年只是免除职务永不录用。
在处罚五虎之后永历帝积极派出吴党领袖堵胤锡率领忠贞营东征以解除广州之围，但堵胤锡东征与李元栋集团发生纠纷。
李元胤担心堵胤锡依靠忠贞营抢夺自己地盘，而另一方面吴党另外一位实力派大佬陈邦传则根本不愿意资助粮食。
在东征准备过程中忠贞营主将李赤心采取金蝉脱壳之计，通过诈死方式出外当了和尚，如此忠贞营无主，根本无法进行东征。
李赤心诈死之后堵胤锡更是要钱没钱要粮没粮，最后也在永历三年11月郁郁而终死于国事。
在何腾蛟战死之后，永历帝提拔拥立自己的瞿式耜接替何腾蛟职位担任湖广督师，以图恢复湖（南局势，但看到永历帝从肇庆逃到梧州之后，各地将领群龙无首，各地军阀争权夺利比起历史上更是过犹不及。
失去堵胤锡这座靠山之后，忠贞营遭到两广军阀歧视，粮饷补充困难，高一功、李来亨一面派人向义勇军联络归顺事宜，一面率部北上，但在湘西遭到投降蛮清的土司彭朝柱袭击，高一功战死。
听到这个消息之后，贵（州都指挥使李定国指挥所部对当地土司进行围剿，经过半月激战，湘西土司彭朝柱被杀，义勇军对该县进行改土归流。
在永历4年(公元1650年)7月，经过近5个月跋涉，李来亨、袁宗第等人率部到达施州之后，所部不过2万余人，其中还有很多老弱妇孺。
杨轩一面派人对该部进行点检，一面派人送去钱粮进行抚恤，经过半个月整编，李自成留下的大顺残部整编为甲种镇，所部编号为第15镇，任命李来亨为总兵，袁宗第、王光兴为副将以统领所部兵马。
在整编李来亨部的同时，为了逃避鞑子暗探的侦查，杨轩以视察为名，秘密赶往重（庆），以准备东征之事。
经过半年准备，现在义勇军粮食充足（每年有300万担），饷银充足（虽然没有有14万两白银赤字，但目前充足。）
再次赶到东进时机已到，积极也将蜀王府行宫迁往重（庆），以进行东进谋划。
在这之前，朱容藩就失去隔断鞑子耳目的作用，当刘惟明镇在永历三年年末兵进夔州府的时候，自称监国的朱容藩早已经众叛亲离，一心想做刘备的朱容藩被其大将谭文所杀，义勇军不到三个月时间就光复了夔州所属的七县地盘。
这天，各省巡抚，都指挥使，各镇总兵、副将行色匆匆的赶到重（庆），如今鞑子正在围殴两广地区，现在杨轩召见，大家凭直觉感觉到反攻在即。
在休战这几个月，随着四轮马车优势越来越明显，随着燧发枪逐渐得到使用，各部厉兵秣马为东征北伐进行准备。
在基层，营及其以下最主要变化就是燧发枪、鸟铳的大规模使用，人力车、二轮马车逐步装备到各个小队、中队、大队。
现在各个中队多装备2-3辆二轮马车、人力车，每个大队人力车二轮马车数量超过10辆，以运输锅碗瓢盆、粮食、帐篷、铠甲等重物，减轻将士们负荷，如此正常行军速度可以达到60余里，强行军速度（锅碗瓢盆粮食帐篷由伙夫小队在后面运输，步兵带上少量三天口粮与兵器行军）能够达到百余里，这可比过去每天行军在三四里高出甚多。
由于鸟铳、燧发枪上面可以装铳刺可以近身厮杀，如今各个大队一般编制为2个火器中队1个战兵中队，全军上下火器配比超过6成。
在团、旅、师（镇）方面，由于四轮马车运输优势，各团取消了过去装备二轮马车的辎重营，取而代之的是一个装备四轮马车的辎重大队。
目前各团编制为：3个步兵营（530人）1590，与团部及其直属部队。
团部包括游击将军1人，分监军1人，参谋股长1人，参谋8人，贴身护卫6人，传令兵5人、勤务兵8人（30人）。
团部直属部队包括：1，一个佛朗机炮大队（60人），1个护卫大队（116人），1个辎重大队120人，一个野战分院（30人），一个骑兵中队（30人）
其中变化最大的是运输大队，过去是一个辎重营装备二轮马车，现在则多是两匹马拖拽的四轮马车，全大队共有40辆四轮马车，用骡子、马匹运输。
一辆四轮马车有两匹马匹或者骡子，由一个车夫赶着，马车上则有一名护兵，四十辆四轮马车共有40名车夫与40名护兵，若再加上粮食保管人员、登记人员、养马人员等，如此一个辎重大队有一百人。
变化较大的是佛朗机炮大队，包括4个炮兵小队与一个护卫中队（30人）以及大队部人员（包括大队长、司务长、观测员等）。
过去常常是两匹骡子拉载两匹大号佛朗机炮，现在更为四轮马车。
现在四个人照看一门大号佛朗机炮，每三门火炮组成一个佛朗机炮小队。
用一头骡子与一辆小型四轮马车运输，其中炮长一人，马夫一人，炮手两人，战场上车夫负责照看骡子，而炮长与炮手负责发炮射击。
医疗所共有5个医官，10名护士，主要负责救死护伤。
军械所有一个大师傅，包括火器小组、兵器小组、车辆小组，主要负责修理损坏的火枪、兵器、车辆。
旅（协）编制没有变，主要由两个团组成，与一个旅部（10人）与旅部直属的1个警卫中队、1个侦查中队与1个宪兵中队。
镇（师）是义勇军最大的战役单位，分甲种、乙种、丙种三种编制，其兵力编制分别为11800人，乙种镇9000人，丙种镇7000人。
其中甲种镇（师）包括镇部、两个协与直属部队，共计11800人。
镇部约30人，包括1名总兵，1名监军，1名副将，1名参谋长，11个参谋（2个负责情报，5个负责作战，2个负责后勤，2个负责军政），与15名杂役。
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