在他统治的最初10年即所谓的“新专制政体”时期，他亲自制定外交政策和战略决策，与首相和外交大臣费利克斯·施瓦岑贝格一起开始恢复帝国秩序，1850年11月以武力威逼使普鲁士签订奥尔米茨条约，解散德意志邦联，向奥地利称臣，这被普鲁士人认为的第二个耶拿之耻。
但首相在国内的粗暴统治和不容异己的警察机构激起了人们内心的反叛情绪，当1851年政府撤回1849年在革命压力下答应制定宪法的许诺时，这种情绪变得更具威胁性。
撤回许诺的后果深远，导致自由党对弗兰茨·约瑟夫的统治长期不信任，引发了1853年在维也纳行刺奥皇的企图和米兰暴动。
施瓦岑贝格于1852年去世后，弗兰茨·约瑟夫不再任命首相，自己独揽大权。
他虽然很勤奋但智力却并不高，在复杂的国际政治中常常走错路数。
奥地利帝国在克里米亚战争中的错误主要是他自己造成的，他不顾俄罗斯帝国对他的一贯支持，调动驻加利西亚的军队到俄国边境，迫使尼古拉一世从多瑙河沿岸撤军，这造成了两国永久的裂痕，沙皇尼古拉一世自杀前悲叹奥地利的背叛：“我是一个世界上最大的傻瓜，居然指望别人知恩图报。”
而西方国家则因为他并没有直接参战，把他看成企图不劳而获的奸诈人物，最后他两头不讨好。
因为国内复杂的财政问题，他在1859年开始削减军费，但又中了加富尔的诡计，忍不住挑拨而向撒丁王国宣战。
没想到抓耗子却带出大象，法国的拿破仑三世变脸和翻书一样快，毫无征兆的突然拔刀帮助弱小的撒丁，历史上第一次通过铁路机动迅速把10万大军带到意大利战场，预想的边防军惩罚作战变成了大国间的主力对抗，弗兰茨亲在赶到战场也没有丝毫作用，两军的指挥都显得杂乱无章，而奥地利显得更乱，索尔费里诺战役的失败严重损害了奥地利的军事声誉。
7月他匆忙的缔结了《自由镇和约》将伦巴比割让给对手以结束战争。
战败后出现的危机气氛促使弗兰茨·约瑟夫重现开始注意宪法问题，宪法试验期--联邦制宪法和中央集团期宪法交替试行，直到1867年。
在1864年对丹麦战争中，约瑟夫与普鲁士结成同盟，企图以此拖延其在德意志的支配地位，但却徒劳。
普奥获胜后，争吵发生了，双方的战争不可避免，普鲁士与撒丁结成同盟，形成对奥地利的夹击之势。
外交官提议通过法国拿破仑三世之手，将威尼斯让给撒丁来避免这种不利态势。
虽然注定要失去威尼斯，但约瑟夫却认为不经一战就失去一个省份有失体面，死也要死的光荣一些，遂即把善于攻击的阿尔布雷希特·弗里德里希·鲁道夫大公和善于防御的路德维希·冯·贝内德克调换了一个位置，普奥战争的结局是北方战线失败，南方战线胜利，奥地利虽然失败，并交出了威尼斯，但保证了对南方的心里优势。
由于弗朗茨·约瑟夫未能达成联邦制解决方案，使各民族满意，各民族之间的关系进一步恶化。
1867年的形式以趋于明朗，必须像不听指挥的匈牙利人做出妥协，结果形成“帝国和王国的二元君主国”，这这个二元君主国里，一半奥地利，一半为匈牙利，以平等的伙伴关系共存。
这一妥协给匈牙利人相当大的权利来扩大其影响，蒙受损失的是斯拉夫各民族；波西米亚人（捷克人）和波兰人没有分享到奥地利德意志人在帝国的奥地利部分即西半部所享有的特权；而克罗地亚人、斯洛伐克人和南部斯拉夫人则没有分享到匈牙利人在匈牙利部分即东半部所享有的特权。
弗朗茨·约瑟夫认可了这种偏袒的做法，违反了在这个多民族国家中各民族基本平等的核心法则。
历史上长期演变所形成的各个邦属对皇帝的关系，为各民族对奥地利德意志人君主或匈牙利人君主的屈服所取代。
这样国家持续不得安宁。
赋予各斯拉夫语与匈牙利语和德语以平等的最后一次改革尝试，在奥地利德意志人民族压力下，也为奥皇所否决。
至于承认和恢复捷克人古老的权利问题，则束缚着奥匈帝国的外交政策并威胁着它的内政。
更为不利的是南部斯拉夫问题，从1867年起，匈牙利统治下的克罗地亚人感到他们被不断的匈牙利化，匈牙利人的统治终于使居住着斯拉夫同胞的塞尔维亚成为二元君主国的死敌。
安德拉希伯爵是弗兰茨·约瑟夫最出色的外交大臣。
“外交副大臣先生，由于华国和别国正在交战当中，加上有英国和法国的参与，所以，这个时候，我们两国谈缔结友好关系的事情，不太方便。”安德拉希伯爵礼貌的对曾纪泽道。
曾纪泽点头道：“伯爵先生，我们华国去年已经向贵国发出了请求，并且，我们并不认为现在华国正在战争当中，我们只是在自己的属地维持和平而已。”
“亲爱的来自东方的朋友，你的口才很好，但是不管怎么说，很抱歉，我们奥匈帝国没有办法和华国结盟，欧洲也没有同亚洲国家结盟的先例。”安德拉希伯爵笑道，已经有要送客的意思了。
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