宋元时期汉族人民在澎湖已有相当数量。汉人开拓澎湖后开始向台湾发展，带去先进的生产技术。12世纪中叶南宋将澎湖划归福建路晋江县（今福建晋江）管辖，并派兵戌守。[4]大陆和台湾的联系日渐频繁。
元朝进一步加强对台湾的管理。元世祖曾派员到台湾宣抚，并在澎湖设澎湖巡检司，[58]隶属福建泉州路同安县（今福建厦门），虽然没有直接将台湾岛并入其内，却是中国中央政府对台湾地区的首次官署设置。[5][6]
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台湾地区历史地图及行政区划沿革
明朝初期仍设澎湖巡检司，直至1387年因实施海禁而废除，并把居民迁到漳州、泉州一带。1563年考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。[59]
明朝以后大陆与台湾的人民往来不绝。永乐年间郑和率船队曾在台湾停留。[60]17世纪20年代的明朝末叶大陆居民开始大规模移居台湾，给台湾社会经济和文化的发展以极大推动。其时福建人颜思齐、[61]郑芝龙为抗拒官府欺压率闽粤居民迁居台湾，一面从事农耕、贸易，一面组织武装力量抗御倭寇和荷兰人。1628年闽南大旱，百姓无以为生，郑芝龙组织灾民数万到台湾垦荒定居，各地逐渐形成许多村落。[62]台湾自此进入大规模开发时期。[63]
荷兰、西班牙殖民统治时期
主词条：台湾荷西殖民时期
《大员港市鸟瞰图》描绘荷兰殖民时期的台湾
随着15、16世纪的地理大发现，世界进入海权时代，欧洲新兴的海权国家纷纷往亚洲拓展势力。
1624年属于荷兰东印度公司的荷兰殖民者为建立与中国、日本贸易的据点侵入南台湾。[65]1626年至1642年西班牙殖民者也曾侵占北台湾，后被荷兰人驱逐。[66][8]
荷兰殖民者盘踞台湾38年，在今台南市修筑热兰遮城（今安平古堡）和普罗民遮城（今赤嵌楼）作为殖民统治的中心，[68]为增加米、糖等农作物产量招募福建沿海和澎湖居民迁往台湾开垦。[69]荷兰殖民者实行强制统治，把土地据为已有，强迫人民缴纳各种租税，[70]掠夺台湾的米、糖，将其收购的中国生丝、糖和瓷器经台湾转口运往各国，牟取高额利润。
郑成功是郑芝龙之子，1624年生于今日本长崎县平户市，[76]早年以厦门为根据地起兵抗清，被南明永历帝封为延平王。因进攻南京受挫，后回师厦门大修船舰，倾力筹划驱逐侵据台湾的荷兰人，收复国土。
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