继前作设定，《虐杀原形2》依然设定在纽约市，由于之前爆发的灾难，这次的纽约市被称为零度纽约，根据感染程度不同被划分成三个区域。曼哈顿是红色区域，已经被生化怪物占据。曼哈顿附近的岛屿为黄色区域。绿色区域是最安全的，这里的私人武装带来的是一种别样的恐怖气氛。《虐杀原形2》主角已不再是1代的alex，而是新角色jaes elle，一名士兵，他要搞清楚敌人背后的计划，而且要杀死他的创造者（alex）。
虐杀原型2里面的主角是一个黑人，模样长得倒是有些威严，特别是两撇眉毛，显得格外的霸气。而虐杀原型一里面的亚瑟却有着一种怪异的美感，杀人都有一种艺术的味道。
相比较起来，轩辕擎天更加喜欢亚瑟这个角色，也就是虐杀原型一里面的主角。因为虐杀原型2的jaes elle大有一种黑人的共鸣之处，那就是没什么头脑，只知道一味的冲杀！
至于说虐杀原型2的背景，大概跟虐杀原型一精密相连，讲述的是：冷战期间，为了在洲际导弹所书写的“对等毁灭”恐怖法则下拥有另一种能够高效消灭敌人有生力量的大规模杀伤武器，美国国防部高级计划署（daa）联合陆军部，于1962年6月9日秘密成立了“第一生物战部队”，代号“黑色守望”（），总部位于马里兰州的翠克堡。在进行dx-1118 a生物战剂的制造过程中。研究人员意外发现了一些拥有特殊基因的*实验对象会产生身体机能和形态的突变，高层认为这是一种能够制造强力士兵的途径。从而对此展开了针对性研究。
他们以“验证在核战争条件下设立自给自足型幸存者定居点”为由，在爱达荷州的河普镇(e)展开了代号为“黑光”(blacklgt)的针对性研究，许多军人家庭在“爱国”大旗的感召下被骗往这个死亡集中营。1969年，有意泄露的病毒找到了完美的寄生对象，怀有身孕的19岁女性伊丽莎白（），而整个小镇的居民则因为病毒而感染变异。
在“圆满”完成任务目标后。黑色守望部队消灭了所有变种人，以及在当地医院的最后一部分还未感染的居民。他们将小镇夷为平地，销毁了所有的罪恶证据，只带走了伊丽莎白和她未出生的儿子，作为日后生化研究的宝贵财富，在观看军方在荷普镇的“ altstc”行动后，就连铁石心肠的军方高层人员也对这次惨剧带来的骇人画面产生了极端恐惧。
他们立刻下令停止在国内进行生物武器的开发。以免在大城市发生类似的“事故”。同时也对黑色守望部队的定位作出了改变：不再负责生物武器的开发，而变为侦察 封锁和预防美国本土发生不明病毒爆发。
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