想象远古洪荒，巨兽纵横，天地混蒙，或许那时候完全没有分离的人类也有着强横一时的实力，能与使徒争锋。也有可能使徒与使徒之间也有互不相让的战争。也有可能树大招风，世界树招陨石，使徒或许和恐龙一样在陨石的重击之下受伤沉睡。
远古到底发生了什么事情，人类也无从得知，《死海文书》的破解工作一直在进行，到底是时代久远，古今人类想法大相径庭，名词文字完全不同。破解工作一刻不停，因为知道越多的信息对人类越有优势。
2000年收集了大量数据的南极科研小组也终于下定决心作一次大死，他们将朗基努斯之枪从亚当身上拔下来。
然后发生了第二次冲击，一场生物大灭绝，当然官方记载是陨石落在南极造成的一切，而事实上是人类科学家作死造成了一切。
亚当引起的第二次冲击，也像是一声号角唤醒了其他沉睡的使徒。他们虽然没有智慧，但也有生物的本能，他们的本能也是回归，他们要和最初使徒亚当融合。而如果其他使徒和亚当融合的话那么造成的结果就是人类全灭，和亚当融合的那个使徒会成为新世界的神，这是人类不愿意见到的。
所以人类现在要做的就是将那些来找亚当融合的使徒全部干掉，来一个杀一个来一双杀一双，杀到确保人类意识会成为融合的主流为止。
而人类的杀手锏，就是由亚当基因克隆而来的决战兵器EVA，至于如何让使徒自投罗网，那就要靠人类在日本地下深处挖掘出来的第二使徒莉莉丝了。
只能说人类的运气真的不错，最初使徒和第二使徒都被人类给挖了出来，真得感谢先祖《死海文书》的记录，虽然古代时候地理方位和现代完全不同，不过有个大概也能让现代人类用各种高科技寻找到地下的空间，找到使徒。
至于其他使徒就算不知道在哪也已经没有关系了，因为人类知道使徒的本能是什么，所以他们只要守株待兔。他们在莉莉丝的周围设置了大量亚当的基因液体，使徒就会将莉莉丝当做亚当不断地朝第三新东京靠拢，人类以逸待劳便可将使徒全部消灭。
使徒没有智慧，人类祖先从很久以前就开始记录使徒，以备不时之需。而使徒恐怕连亚当和莉莉丝长什么样都忘却了，真的是智商欠费，是有勇无谋的典型。
面对使徒这样的敌人，人类是绞尽了脑汁，消耗了大量的人力物力资金，以至于人类现在已经都快成为战争零件了，全世界的经济都在崩溃的边缘。
当然普通人根本不知道什么‘人类补完计划’，也不知道精英层为全人类选择了一条什么样的道路。他们只是盲目地进行工作，他们还以为统治者是为了他们的生命财产而备战呢。却不知道对于真正的聪明人来说，财产不过是身外之物，他们为人类选择的不是生存而是超凡。
根据《死海文书》的记载，大家都知道人类是不完整的，人类选择了智慧却失去了庞大的力量，现在只要完成计划，人类就会同时拥有智慧和生命，人类才会被补完。
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