五月，经过王文韶等人反复的商讨论证，新的教育法案大纲终于制定完成，随即光绪皇帝颁布‘教育敕令’，将这一法案公布天下。
新式学堂除了光绪皇帝所说的小学之外，还增设了中等专科学堂、高等专科学堂和儒学堂，并将原有的‘同文馆’也纳入新式学堂体制之中。规定大小文武各学堂，均应钦遵谕旨，以选举德、行、道、艺四者并重之人，造就通才为宗旨。
小学堂学制五年，意在使入此学者，通晓四民皆应必知之要端，仕进者有进学之阶梯，改业者有谋生之智能。中等专科学堂、高等专科学堂学制分别为三年，意在讲求国政民事，各种专门之学，为国家储养任用之人才。而大学堂、儒学堂可终身研读，意在研究专门精深之义蕴，俾能自悟新理，自创新法，并为保存古学古书之地。
另设职业教育学堂，学制一至两年不等，意在使人民具有各种谋生之才智技艺，以为富民富国之本。同文馆不设学年，意在通晓各国语文，以储交涉之才，以备各学校教习各国语文之选。
考虑到皇帝对将来朝廷大臣新学的要求，新的教育大纲专门设立了‘进土馆’，也就是类似于后世的‘进修班’或者‘党校’，不设学年，意在使已经得第入官者，通知各种实学大要，以应济时急需。
而师范学堂作为专科学堂之一，意在使全国中小学堂，各有师资，放在了各专科学堂的第一位。自光绪二年开始陆续外派出洋留学回国的那些人自然而然成为了师范学堂的第一批新学种子。而后又根据皇帝的要求，相应增加了武备学堂、船政学堂、医学堂、机械工程学堂等专科学堂。
考虑到新学刚刚开始推行，在五年之内，各省初办之学堂学额，暂不限数。但为了推行新学，朝廷专门出具了一条奖励措施，即：各级官员所辖户籍人口中，如有户籍总数三成学员的成功获取更高一级的入学资格，则该官员年度考核为良，吏部考评可以留级或平调；如有户籍总数五成学员的成功获取更高一级的入学资格，则该官员年度考核为优，吏部考评可以获得升迁或优序。
同时考虑到小学教育的负担和士绅办学的积极性问题，推出针对小学教育的支持补贴政策，即：每所新式学校有一名学生成功毕业，获取更高一级的入学资格，则可享受朝廷五十两白银的补贴。
同样的，有奖就有惩。凡成功获取更高一级入学资格的学员总数不足户籍总数一成的，则该官员年度考核为差，吏部考评应予以降职；如此现象连续两年发生，或在五年内发生三次，则该员应予以革职。如有当地考核合格而经教育总署复试不符，则根据学堂情况分别惩罚各省督抚、学政：如分数不符过半者，革职；不符在三分之一以上者，降级叙用；不足三分之一者，临时酌量，分别办理。
不论是晋级还是奖学金，亦或是财政补贴、官员考核，都是基于对学生的学业考核之上的。对于考核学生，新式学堂采用积分法，每年对所开设的各个学科进行四次考试，每次考试均不低于六十分者可以进入下一学年学习，反之，则予以处罚直至退学。
对于所学习科目，小学的课程主要包括国学、算术、历史、地理、格致、体操，各省根据条件不同，可适当增减科目，但国学、算术、体操三项为必修课；自三年级开始，陆续增开洋文、地理必修学科；专科学校则根据专科不同增开兵操、物理、化学等科；待学员学成之后，可以选择相应的研究方向，转向各高等专科学堂或同文馆；也可继续深造进入大学堂，深入学习政治、法律等社会学科。
其中儒学专讲要义而不务奥博。只有师范专科、儒学堂以精深经学。但同时规定学堂不得废弃中国文辞，以便读古来经籍。
在规定了各级学堂的学科制度后，又明确规定了私学堂禁止学习政治、法律、兵操。
根据新的教育法案，朝廷调整了礼部的职责，规定礼部自十一年起不再负责科举考试，自此，礼部的职能被进一步弱化，成为仅仅负责朝廷重要典礼的单一职能部门。而教育总署则成为统辖全国学务的最高机构，其职能包括整饬各省学堂、编订学制、考察学规、审定专门普通实业教科书、任用教员、选录毕业学生、综核各学堂经费及一切有关教育之事。
教育总署设总理学务大臣——即教育总长一人；下设八名助理，分管各处。高级学务处管理儒学堂、进士馆学务；普通处管理小学至大学普通学科学务；专务处管理各专科学务；审订处审定各学堂教科书，及各种图书仪器，检察私家撰述，刊布有关学务之书籍报章；留学处管理同文馆及出洋游学生一切事务；会计处管理各学堂经费；稽查处负责不定期巡查各地，督导学政进程及考评学员；参劾处是最得罪人的一个，但也是最热门的一个处，它负责考核各级官员在学政上的成绩并向吏部提出参劾要求。
之所以参劾处最得罪人，是因为他掌握着各级官员的升迁录用；之所以他最热门，也是因为他掌握着各级官员的升迁录用。所以这个部门光绪指定由谭嗣同来总办。
与之相辅相成的就是稽查处，总办被定为蔡绍基。
仅次于这两个部门的，就是管理财政大权的会计处，总办为辜汤生。其他的分别为康有为负责高级学务处，曹吉福负责普通学务处，杨锐负责审订处，荣尚琴负责专门处，而唐国安负责留学处了。
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