此外，正如麦克唐纳博士曾经阐述的，在鹞鱼体内，除了上述的器官之外，在靠近头部的地方还长有另外一个器官，虽然我们清楚地知道它本身并不带电，但是它应该是与电■的发电器真正同源的器官。普遍认为，不论是在内部构造方面、神经分布方面，还是对种种试药的反应状态方面，这些器官与一般的肌肉之间全部是紧密相似的。还有一点需要我们特殊重视的是，伴随着放电发生的一定是肌肉的收缩，“看上去电■的发电器官在静止时充电的情形和肌肉与神经在静止时充电的情形非常类似，电■的放电可能也只是肌肉和运动神经在运动时放电的一种形式罢了，其实毫无特殊之处”。到目前为止，我们还没有除此之外的阐释；可是由于我们还不是很清楚生存到现在的电鱼始祖的习性和构造，而且对这种器官的作用也知之甚少，如果认为不存在有用的过渡各级来逐渐完善这些器官发展的可能性，这样的观点就未免过于大胆了。
最初我们认为，似乎另外一个更难的问题在这些器官上体现出来，因为在大约十二个种类的鱼体内发现了发电器官，并且有几个种类的鱼还有着相差极远的亲缘关系。假如在同一纲中的一些成员体内发现相同器官，尤其是这些成员的生活习性都大相径庭的时候，一般我们认定是由于共同祖先的遗传而导致了这个器官的存在；而由于不使用或者自然选择的原因，有些成员就会失去这一器官。因此，假如某一远古祖先遗传下来了发电器官，我们也许会认为有特别的亲缘关系存在于所有的电鱼之间了，但事实上并不是这样。大部分鱼类以前有过发电器官这一论点也不能在地质学上得到完全的证实，而现在失去发电器官的只是这些鱼类变异了的后代。
在我们对这一问题进行更深入的观察时发现，不同鱼类的发电器官的生长部位不同，其构造也不尽相同，就像电板的排列法，根据巴西尼的观点，不一样的还有发电的过程或方法，所有不一样中最重要的也就是最后一点了，就是发电器官的神经来源也不一样。所以，这些鱼类虽然具备发电器官，但是不能认为这种器官是同源的，只是其在机能上是相同的。那么，我们就没有了假设它们是由同一祖先承传下来的理由了，因为拥有同一个祖先意味着它们在所有方面都是紧密相似的。那么，有关实质上由几个亲缘距离极远的物种形成发展起来，但是表面上一样的器官这一疑难点就被克服了，但是一个次要但仍然重要的难点却显现出来，那就是这种器官是通过怎样的分极步骤形成在不同种群的鱼类中的。
我们目前的知识还很不全面，属于很不同科的一些昆虫给了我们一个和发电器官差不多难度的知识点，即在它们体内我们能见到处于身体不同部位的发光器官。但是还有另外一种类似的情况，比如在植物体内有一种很奇特的装置，对红门兰属和马利筋属自然都是一样的，即花粉块长在具有黏液腺的柄上。之所以据这两个属，是因为这两个属在显花植物中的关系距离最远；而且这些部分也不是同源的。长有近似的器官和特殊器官的一切生物，尽管清楚地知道它们在体制系统中相距很远，而且这些器官的技能和普通外观相同，但是我们会发现它们之间存在的根本差别。举例来说，从外表上看，头足类或乌贼的眼睛与脊椎动物的眼睛极其相似，但是我们不能认为在系统中相距如此远的两个类群的相像是由于同一祖先的遗传。虽然米伐特先生曾经提出这种情况是一个特殊难点，但是他的论点的力量没有被体现出来。任何的视觉器官一定要具有某种晶状体，而且一定要是有透明组织形成的，这样才可以使影像投射到暗室的后方。
汉生有关头足类的这类器官的报告是很有价值的，我们通过参考得出了这样一个结论，即乌贼的眼睛与脊椎动物的眼睛除了表面上看起来相像之外，似乎没有真正相同的地方。在这里我只说明几点不一样的地方，但是不进行详细的讨论。高级乌贼的晶状体由两个部分组成，二者在构造和位置方面与脊椎动物的完全不一样，而是像两个前后排列的透镜一样。视网膜主要部分是完全颠倒的，与脊椎动物的不一样，而且有一个大型的神经节在其眼膜内。肌肉间的关系也有很大的区别，其他部分也如此。
所以，在描绘头足类与脊椎动物的眼睛时的困难是很大的，因为要考虑到相同的术语能够应用的程度。固然，二者的眼睛是接连不断的、细微的变异的自然选择的结果这一论点，人人都能随意地加以否认。可是，倘若承认在一种情形中出现了这个形成过程，那么就可以清楚地确定这个过程在另一种情形中存在的可能性；假设它们是以这样的方法产生，那么我们就能够预测出这两个群的视觉器官在构造上的根本差别。在上面谈到的几种情况下，为了生物的一切利益，自然选择总是利用各种有利的变异工作着，于是在不同的生物体里，出现了机能相同的器官，但是其相同的构造却不是因为共同祖先的遗传，就像同样的一件发明有时可能被两个人独立地得到一样。
为了论证本书所得出的论点，弗里茨·米勒很审慎地进行了大致相同的讨论。少数的几种甲壳动物科物种，长有适合在水外生存的能够呼吸空气的器官，米勒特别细心地考察了关系十分相近的两个科，它们的各物种的所有重要性状也都非常一致：比如它们的感觉器官、循环系统、复杂的胃里的丛毛的位置，还有营水呼吸的鳃的构造，就连用于清洁鳃的很小的钩都完全一致。所以，我们能够想象得到，对于少部分属于这两个科的在陆地生活的物种，呼吸空气的器官的重要性理应是相同的；那是因为，既然别的重要器官都非常相同或是紧密类似，为什么会把处于同一种目的的这一种器官创造得不一样呢？
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