形态学、胚胎学、残迹器官
分类，群下有群--自然系统--分类的规则以及难点，依照伴随着变异的生物起源学说来解释--变种的分类--生物系统常用于分类--同功的或适应的性状--通常的、复杂的、放射状的亲缘关系--灭绝分开生物群且决定其界限--同纲中各个成员间的形态学，同一个体诸部分之间的形态学--胚胎学的法则，依照不发生在幼小年龄的、而在相应年龄遗传的变异来解释--残迹器官；其起源的解释--提要。
分类
自地球历史最远古的年代开始，已经发现生物互相类似的程度在慢慢递减，因而它们能在群下再分成群。此种分类并非如在星座中对星体进行分类那般随意。倘若说某一群完全适应生活在陆地上，而另一群完全适应在水里生活，某群完全适应吃肉但另一群完全适应吃植物性物质，等等。那样的话群的存在就太过简单了；可是事实和此大相径庭，众所周知，甚至相同亚群中的成员也有着不一样的习性，此现象极其的普遍。在第二和第四章讨论“变异”与“自然选择”时，我曾想说明，在任一地区里，变异最多的，是分布广、散布多、普遍的物种，即优势物种。由此产生的变种也就是初期的物种最后能转化成新但存在差异的物种；而且这些物种，依照遗传的原理，有产生另外的新的优势物种的倾向。这样，目前的大群，通常包含很多优势物种，并有不断增大的倾向。我还曾试着进一步说明，因为各个物种的变化着的后代都企图尽可能多且尽可能不同占领其在自然构成中的一些地位，它们就一直会有性状分歧的倾向。试着观察在一切小地区内类型众多，竞争剧烈，以及和归化相关的一些事实，便能了解到性状的分歧是有依据的。
我还曾试着想办法说明，在数量上增长的、在性状上分歧的类型某一种肯定的倾向来挤对且消灭之前的、分歧与改进较少的类型。请读者参看曾经解释过的用于说明这几个原理其作用的图解；就能看到无法避免的结果是，一个祖先传下的变异了的后代在群下再次分裂为群。在图解中，顶线上每一字母表示一个包含若干物种的属；而且以这条顶线上的所有的属共同组成一个纲，因为全部都是传自于同一个古代祖先，因而它们遗传了某些共同之物。然而，依照此原理，左边的三个属有非常多的共同之点，构成一个亚科，有别于右边相邻的两个属所构成的亚科，它们是在系统的第五个阶段经一个共有祖先分歧出来的。
这五个属依旧有很多共同点，即便共同点比在两个亚科中少些：它们构成一个科，相异于更右边、更早时期分歧出来的那三个属所构成的科。全部这些都是传自于（A），组成一个目，相异于从（１）传下来的属。因而在此我们有经一个祖先传下来的佷多物种构成了属；属构成了亚科，科以及目，这全部都归入同一个大纲里。生物在此种分成群的自然认同关系这个伟大事实（因为习惯了，并未时常引起我们充分的注意），依我来看，是能这般解释的。毫无疑问，生物像所有另外的物体一样能用很多方法进行分类，又或是依照单一性状而人为地分类，又或是依照很多性状而较为自然地分类。比方说，我们知道矿物及元素的物质是可以此般安排的。在此种情况下，肯定无族系连续的关系，现在也没有办法看出它们被此般分类的原因。可是关于生物，情况就有些不一样了，而上述观点和群下有群的自然排列是一致的，直到现在还未提出过别的解释。
我们看到，博物学者企图依照所谓的“自然系统”来排列全部纲内的物种、属以及科。可是这个系统的意义何在呢？一些作者觉得它仅仅是这样一种方案：把最相似的生物排列在一起，把最不相似的生物分离又或是认为它是尽可能明了地表示一般命题的人为方法--用一句话概括比如全部哺乳类所共有的性状，用另一句话来概括全部食肉类所共有的性状，再从另一句话概括狗属所共有的性状，然后再加一句话来全面地概括所有种类的狗。该系统的妙处及功效是毋庸置疑的。
然而很多博物学者对“自然系统”的类含要考虑得更多；他们确信它揭露了“造物主”的计划，可是关于“造物主”的计划，除了可以详尽说明它在时间上或空间上的次序或这两方面的次序，或者详尽说明它还有别的意义以外，要不然，依我来看，我们的知识并未因为这而得到什么补益。正如林奈所说的那句名言，我们通常看到它通过一种多少隐晦的方式显现，即并非性状创造属，而是属产生性状，这好像意味着在我们的分类中含有相比单纯类似更为深层次的某种联系。我觉得实际情况就是这样的，而且相信共同的系统--生物密切相似的一个已知的原因--即此种联系，这种联系尽管表现有各种不同程度的变异，可是我们的分类一部分把它揭露出来了。
现在让我们考虑一下分类中所采取的规则，而且考虑一下依照以下观点所遭到的困难，此观点便是，分类或者体现出一种未知的创造计划，或者是一种简单的计划，用以表明通常的命题并把相互间最类似的类型归类。大概曾经认为（古代就此般认为）决定生活习惯的那些结构部分，以及任何生物在自然构成中的一般位置对分类有非常大的重要性，这种想法是不对。没有人认为老鼠和鼩鼱、儒艮和鲸鱼、鲸鱼和鱼的外在类似有怎样的重要性。此种类似，尽管如此密切地和生物的一切生活相连接。但只被列为“适应的或同功能的性状”；对于此种类似，以后再来探讨。
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