根据《明穆宗实录》的记载，最先弹劾的海瑞是舒化（嘉靖三十八年进士），对于他的奏章在《明实录》有摘录
“刑科都给事中舒化言巡抚应天右佥都御史海瑞著节先朝，诚一代直臣，然迁滞不谙事体。
闻其在应天科条约束，切切于片纸尺帛间以难过客，恐非人情。
夫道在日用，当官者不必出寻常之外而别为调停。政贵宜民，善治者，岂在创新奇之法，以抗夫时俗？如瑞，第宜与两京清秋以见风激天下之士。盖所以全地方亦所以全瑞也。
得旨海瑞节用爱人，动事任怨，留抚地方如故。”
概括起来，舒化攻击海瑞之处其实就是两点
一是认为海瑞“不谙事体”，即海瑞的人品问题；
二是认为他“切切于片纸尺帛间以难过客”，不做正事。
海瑞的偏激是当时人所共知的事情，至于指责他裁革驿站，但也并不具有多大的攻击力，并不能构成海瑞“第宜与两京清秩”的充分条件，因而被拒绝也是自然而然的事情，“得旨，海瑞节用爱人，动事任怨，留抚地方如故”。
有些观点认为徐阶案的产生是由于内阁之间的政治斗争“高拱复位时由于怀恨徐阶，故借海瑞勒令乡官退田之机予以报复，实质希图借海瑞之手以泄其私怨，并非真正对海瑞有所倚重。
后因事情闹大，海瑞受到地方权贵豪绅的攻击，加上张居正为徐阶说情，因此高拱权衡利弊，觉得改善与徐阶的关系，借以安抚苏松一代的豪绅权贵，这对巩固自己的政治地位更为有利。由于这一思想的转变，海瑞就变得再无利用价值。”
这种说法是错误的，实际上，高拱于隆庆三年十二月二十二日庚申复起用，距明穆宗答谕舒化弹劾海瑞奏疏隆庆四年正月十四日，仅二十余日。从高拱复职旨下至其起于乡间至京一往一返，二十余日未必能抵京到任。即使高拱人到京，亦是鞍马劳顿，仓促之中未必就能立即处理部事，所以徐阶案的产生与内阁斗争没有直接联系。（姜德成《徐阶与嘉隆政治》）
第二个对海瑞进行弹劾的是戴凤翔。在《明穆宗实录》和《万历野获编》中对戴氏的奏折均有摘录，可以互相参校。
根据《万历野获编》卷22的记载，其大意是
一、滥受词讼，在皇上洞悉民奸，颁行重禁也。瑞则不顾赦前事件，悉听告讦，又无放告日期，旅进旅退，动盈千纸，累涉万人，不能按理曲直以剖是非，而但徇情爱憎以决胜负，致使刁徒弗安生理，惟思构讼，以小过而饰成极恶；以虚诞而捏作实情，本以户婚田土，装为人命强盗；或未告而扬言以需索，或既告而讲价以求和；越诉者不笞，诬告者不杖，律法埽地，罗织成风，人心至此，真大坏矣。
而《明穆宗实录》卷42中的记载虽相对比较简单，却也有值得注意之处
先是吏科给事中戴凤翔疏论瑞沽名乱法，不论吏事。每日开门受讼，动盈千纸。凡衣冠之族，饱暖之家，远年祖产，悉听刁徒告赎。故民间有“种肥田不如告瘦状”之谣。……
也就是说戴凤翔将民间的“种肥田不如告瘦状”这一说法的产生归结与海瑞的滥受词讼。当然他的意图很明显，就是要弹劾海瑞，最低的目标也是要将其调离应天巡抚一职（根据《明实录》的记载，海瑞也正是因为戴凤翔的这一奏章而离职的）。其中列举的第一条最有杀伤力，容易给人一种海瑞强逼众乡官退田是为了“劫富济贫”的态势。
对于戴凤翔的指责，海瑞给予了严厉的批驳
臣于今三月初二日见邸报，该吏科给事中戴凤翔论臣沽名乱政，大乖宪体。
……事涉乡官举监，又惮势豪，寝阁不行，臣闻之久矣。
臣到任之后，所准状果是比前任为多，通民隐、抑豪横也。
江南民风刁伪，每放告日，状动以三四千计，臣所准行二十分中之一而已。
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