在与明廷关系严重恶化的情况下，生性躁急悖傲的毛文龙采取的不是妥协和衷的方法，而是依然我行我素，以强硬的姿态回击明廷，其桀骜不驯、盛气凌人、目无尊长的行为更加剧了崇祯对他的猜疑。
天启七年七月，毛文龙上疏愤诉不平五事
“招抚辽民，挑其精壮入伍，老弱屯种，竟成一旅之师，以抗强敌，今使之食不充腹，衣不遮体，空拳赤足，冒死生于锋镝之下，较之内地逍遥自在，高坐糜饷者，其苦乐自分，不平一也。
宁远月饷一两五钱，内丁二两四钱，加以食米五斗，又叨皇上恩赏，不一而足。乃海外南官，七年以來，未徼半年之俸，数百万兵民取给于天津、登莱二十万之米，其中多有漂失而浥烂者，山东二十万两之银，复有侵克，手臂腹心虽肥瘠有分，皆是血肉，何独于关上加厚，而海膜视乎？不平二也。
旅顺、石城一带，为津、登门户，设将严防，尚有前车之覆。都司徐敷奏煽惑军心，旅顺参将李鑛烧粮投械，夺船以逃。继而石城岛游击高万重、都司高应诏、宽奠营游击郑继魁与弟继武等，亦遁，不夺其魄而且复其官，纪律之谓何？不平三也。
臣孤忠自许，可对君父而质鬼神，乃有谓臣为安史者，臣生虽受之，死岂瞑目？不平四也。
今春攻铁山而至云从，以死守死战立功，自幸可收桑榆之效，乃又谓臣退居云从，不用一矢相加遗，此何说乎？不平五也。”（《东江疏揭塘报节抄》卷6《天启七年七月初十日具奏》）
东江海运接济之艰难、兵士待遇之不公平确是如此，武之望指毛为安史确属过分，丁卯之役毛文龙并非毫无抗金之举，逃将西奔是有该处分地，毛文龙所说的不平是有一定道理的。
但是诬陷徐敷奏、掩盖铁山须弥之失和自己的虚兵冒饷，毛文龙的说法也很有问题。
此奏出于七月初十日，明廷接奏奉旨之时正是九月初六日。
崇祯刚登基就看到这样充满谩骂语气的章奏，其心情可想而知（毕竟不是每个皇帝都有明熹宗的好脾气），但是碍于当时形势，崇祯只能用温旨答覆毛文龙“文龙远戍孤悬，倍尝艰苦，屡建捷效，心迹自明，东顾方殷，岂得乞身求代？还宜益奋义勇，多方牵制，以纡朕怀”。
一月，毛文龙又上疏向朝廷桀骜索饷
“向使朝廷早能信臣，粮饷器械一如关宁之凑手，奴早灭，辽早复矣。奈何疑信相参，忌谤叠出，屡加温旨，屡畀事权，一似尝试羁縻为事。
吃紧莫如粮饷，终吝慨发，是以臣之牵制奴者牵制臣，封疆之重，几何而不以岁月迁延误耶！
今年内臣出镇，乃始允百万额饷之请，然必洗刷常套，方克有济……百万之饷，必须一顿给臣，即乘一餐之饱，尽一时之力，自可成功。若零星，若转折，若不及时，局散功隳，一口担当，臣固不能自必矣”。（《东江疏揭塘报节抄》卷6《天启七年十一初十日具奏》）
崇祯的旨意是“该镇劳苦海外，朕甚念之，今内地粮饷俱已陆续发解，况海天寥阔，岂易一顿而止？但当严禁运官侵渔，务令饥军果腹，至于兵额几何，月饷几何，该镇还具数开报，以待进取”（《崇祯长编》卷7）
在朝廷参劾声不断的情形下，崇祯元年五月，毛文龙请诣阙直剖心迹
“臣势处孤危，动遭掣肘，功未见其尺寸，怨己深于寻丈，而皇上知之否？
中外臣工于兵家奇正之法、彝地山川之形，或未深知，故人持一论，终非煞着。惟臣居辽日久，探讨独到，无奈地隔天寥，笔难代舌，而皇上知之否？
属国残破之余，缓急无望，一应接济，合于夏秋两季，及时顿给，以便转运，其间裒益调剂，厥有权宜，而上知之否？”
据《崇祯长编》称“其他语多桀骜”，对于如此毛文龙，崇祯只能又是温旨“毛文龙本以义勇简任，东江数年苦心，朕所洞鉴，人言何足置辩？报闻”。（《崇祯长编》卷9）
毛文龙这种毫无人臣之礼的行为在当时域内域外都深感担忧。朝廷“诸文臣视东江为赘旈”，崇祯的担忧也不减于群臣，据袁崇焕称，“皇上之忧毛帅久矣”。
崇祯元年召对时，崇祯曾“历数东江拒命”，又曾多次召问阁部密谈东江事。
据《东林列传》卷17《韩爌传》记载“二年正月，上以边警，召爌及吏部尚书王永光入对平台。时廷臣颇忧毛文龙跋扈，袁崇焕锐欲除之。上因与爌等造膝密语，左右莫得而闻也”。
又据《公槐集》卷3《讲帷记注》记载，崇祯二年四月十七，姚希孟时为讲官，讲读毕，崇祯召“辅臣曁兵部尚书王洽议东江事，它人莫得闻”。
兵部尚书王洽与辅臣钱龙锡因而就毛文龙事修书“往复商榷”于督师袁崇焕。
《朝鲜李朝仁祖实录》卷17仁祖五年十一月辛已载，“且问于张大秋，则皇上崩逝的报已至云，而都督设宴用乐，少无变礼矣”。
同书卷19仁祖六年甲辰载，鲜王说“文龙与禽兽无异。至如皇帝之尊，亦无所畏，不可以礼责之也”，又说“观毛之意，已著跋扈矣”。
毛文龙之所以敢于以强硬的姿态回击明廷，甚至敢于不畏皇帝之尊，既和他狂诞悖傲的个性有关，也和他已自成势力、重兵在手很有关系。
如《续杂录》载“都督性度躁急，喜怒无常。爵位隆重，气焰炽张，自以为人无加我”
《乱中杂录》载，崇祯元年十一月，毛文龙对朝鲜译官说“我是天朝都督，便宜行事，一人之下，万人之上，是何怕人”，朝鲜译官称“其言尤为悖傲”
《春坡堂日月录》载，“文龙恣虐日甚，时称海外天子，部下诸凶，肆害尤甚”。
当时明人也有记载称毛文龙为海外天子，如甘肃巡抚梅之涣给袁崇焕信中称“海外天子，内币百万，金钱尽入私橐，领兵毛姓皆其腹心”
袁崇焕称“人臣不宜犯无将之戒，文龙刚愎撒泼，无人臣礼，前后章疏俱在御前，近且有牧马登州，取南京如反掌等语，大逆不道，三当斩”，这并没有冤枉毛文龙。（《崇祯长编》卷23）
除了言语上对皇帝不敬，更严重者竟有违制擅离信地，拥兵于登莱事。
崇祯元年五月，“内官王国兴称密旨召毛文龙，踪迹诡秘”，“上谓初撤镇使，未尝轻遣内臣，命逮国兴下狱论死”，当中必有隐情。（《国榷》卷89）
同年八月，毛文龙以漂风为名，突然间至登州夏家疃上岸，而续到诸船游戈于登莱洋外，登镇军民为此惶恐不安。
此事在当时引起了很大的震动。
而毛文龙又砸毁了与自己有矛盾的登莱总兵官杨国栋的功德碑，故八月二十二日，杨国栋愤而上章弹劾毛文龙十大罪
“专阃海外，八年糜费钱粮无算，今日言恢复，明曰言捣巢，试问所恢者何地，所捣者谁巢。凤凰城、汤站等处若有一人守堠，不致铁山陷失之惨，罪一。
设文龙于海外，原为牵制不敢西向也，数次过河，屡犯宁锦，全不知觉，牵制安在，罪二。
东偏接境朝鲜，辅车相依，乃日以采参掘金，大肆扰害，鲜实不堪，致生携贰，罪三。
铁山既失，鲜半入敌，伤残属国，失律殒师，罪四。
难民来归，冒充兵数，或任填沟塾，或仍罹锋镝，掩败为功，罪五。
皮岛孤悬海中，非用武之地，去岁与内臣合谋，请饷百万，竭民膏血，以填苦海，罪六。
零星收降，捏报献俘，假造谩书，欺诳朝廷，罪七。
私通粟帛，易敌参貂，藉是苞苴，为安身之窟，罪八。
通商接济，事出权宜，坑商货至百余万，怨声载道，死亡相继，罪九。
岛中辽民总凑应点不满三万，欲冒皇赏，册开十五万，从前侵克钱粮，不计其数，罪十。
至如奉旨移镇，竟若罔闻，奉旨回话，绝无应答，煌煌天语，视如弁髦，此等滔天之罪，尚可容于尧舜之世哉。
更有异者，文龙近以漂风为名，突至登州夏家疃上岸，续到多船，见在登莱沿海窥探，不知意欲何为，大将擅离信地，律有明条，虽地方严为之备，然村野之民一时鸟惊兽骇，莫知所向矣。”（《崇祯长编》卷12）
杨国栋的弹章虽存在抹煞毛文龙之功的问题，但是关于毛文龙之过大多数是属实的。
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