毛文龙案之所以会反复还在于一个很有问题的观点，那就是认为袁崇焕斩帅造成了东江的无主状态，之后相继发生内乱，最后孔有德、耿仲明、尚可喜陆续降清，为侵明效力；而且毛文龙能牵制后金不能西向，斩帅使后金从此得以毫无顾忌地长驱深入，己巳之变便是明证。
建立在这两个论据的基础上，自然会得出袁崇焕斩帅不利于辽东战局的结论。
这两个责难是江浙文人理直气壮袒护毛文龙的依据，同时也是后人质疑斩帅的立足点。
直至今仍有不少人称袁崇焕斩帅“不仅大大削弱了抗敌力量，而且对辽东战局乃至对他本人都产生了极为不利的影响”，主要表现在“文龙死后，皮岛无主，各支队伍互相攻杀，己不能对后金起牵制作用”，“东江内乱，后金彻底解除了后顾之忧，便集中精力对付宁锦一线”。
这种观点是值得商榷的。
前文提到，斩帅之后，袁崇焕重用刘兴祚兄弟，让其掌管东江军镇的大权，镇中精锐皆由其掌握。
当时军镇中有两种势力，一种是毛文龙旧部，一种是刘兴祚兄弟，他们之间既有合作也有矛盾，袁崇焕一方面两种势力参用，另一方面又借刘氏兄弟压制毛文龙旧部。
斩帅后，袁崇焕没有在镇中设帅，名义上以毛文龙旧部副总兵陈继盛署总兵事，但是事实上握有镇中大权的是刘兴祚。
所以，所谓毛文龙死后东江无主的说法是不成立的。
东江内乱的导火索是刘兴祚的战死。
崇祯三年正月，率兵入援的刘兴作战死于永平，而其弟刘兴贤被后金俘虏。
皇太极借机让刘兴贤修书招降居守皮岛的刘兴治、刘兴基、刘兴沛等族兄弟。
四月，署岛事副总兵陈继盛密报孙承宗说，“兴祚未死从贼，兴贤自奴中有书招兴治等，且兴治所领皆夷丁，大有可虑”。
当时刘兴祚光荣殉国未得恤典，而道路流传明廷将借调兵之名杀刘氏兄弟，这让刘兴治等人极为愤恨。
当孙承宗调兵檄文至，刘兴治等信以为真，遂设计捕杀陈继盛及孙承宗所派调兵官员，控制了岛上的精甲利兵，拘禁官商船只，并航海至长山岛纵兵杀掠。
消息传至明廷，“举朝大骇”。
以此来看，刘兴治兵变的原因有“东江镇权力之争的结果”、“明朝某些官对刘兴治归明表示怀疑，不信任所致”、“皇太极对东江镇将领的招降在刘兴治兵变时也的确起过作用”；己巳之变的发生，袁崇焕的下狱，岛中辽人“对明朝复辽的失望情绪”，也不无影响。
其实，刘兴治兵变主要是三个原因
其一，刘氏兄弟与毛文龙旧部的矛盾发展，所谓刘兴治与陈继盛“不相能”；
其二，袁崇焕的下狱、刘兴祚的战死使东江镇无主，失去了制衡争斗的权力中心，刘氏兄弟与毛文龙旧部的矛盾逐渐激化；
其三，后金招降刘氏兄弟，陈继盛密告，导致兵变的结果。
刘兴治设计发动兵变依赖的是岛中归降后金平民组建的军队，即平夷营的夷丁，共有千余名，虽有较强的战斗力，但是与岛中汉兵存在矛盾，据毛文龙塘报崇祯二年二月就曾发生作乱之事。
这部分军队是崇祯初毛文龙所收编，聚集在皮岛上，后刘兴祚投岛，毛文龙遂令刘兴祚统领，斩帅后由刘兴治继承。
早在崇祯初，陈继盛就鉴于夷丁聚集必有后患，“力劝分置诸岛”，但是毛文龙“不听”。
所以当时就有人认为，刘兴治兵变毛文龙有责任。
据《朝鲜李朝仁祖实录》卷22仁祖八年四月乙亥载，陈继盛部下夏云蒸当时出陆办事，闻岛中兵变，哭泣着对朝鲜平安监司金时让说“降鞑，非我族类，而文龙不即翦除，致有此变，其罪可言？”
毛文龙的措置诚然是为兵变留下了隐患，但是袁崇焕的善后不周也负有一定责任。
朝议派副总兵周文郁前往皮岛抚谕刘兴治。
刘兴治一面听抚，上疏揭认罪，表示愿意杀敌自赎，另一面却策谋叛归皇太极，以为后路。
明廷派毛文龙旧部黄龙为总兵官，前来掌管皮岛。
崇祯四年三月，刘兴治遂起兵反叛，乱杖其弟刘兴基并杀参将沈世魁家众，“岛众不从，纵降鞑屠杀。招入南商五十余人，没数妝杀，夺其货物”。
游击张焘、沈世魁等合谋，乘夜突入衙门，纵火鼓噪，“汉人杀降鞑及其妻子儿童，口有孑遗，兴治兄弟及腹心之人，尽数斩杀，降鞑之死，不计其数”。
经由刘兴治之变，岛中兵将被“屠杀一番”，势力更加衰弱，所谓“东江自毛文龙被杀，兵力弱，势孤”。（《明史》卷277）
袁崇焕斩杀毛文龙虽是为国除患，但是不可避免地造成了毛文龙旧部的离心，所谓“岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后至有叛去者”。
这其实是为后来的孔耿尚之叛种下了隐忧。
孔有德，辽东宁卫人，为追随毛文龙骑兵的广宁从征加家丁之一。“骑勇善斗，临阵先登，为诸将冠”，深为毛文龙喜爱，收为养孙，改名毛永诗，累官至参将。
李九成，辽阳卫人，晓勇善战，毛文龙养为孙，改名毛有功。
耿仲明，辽阳卫人，骑勇善战，奸猾多智，毛文龙养为孙，改名毛有杰，历官至参将。
尚可喜，辽东人，勇而善谋，毛文龙养为孙，改名毛永喜，历官至游击。
毛文龙对这些养子养孙“待之甚优”，诸将“亦乐为文龙用”。
主帅一死，“他将代者于有德等亦仅以老兵置之，有德等既失所依，皆落魄无聊，又心怜文龙无罪，横受屠酷，恒怏怏，每思投隙而起，未得其会也”。
如何妥善处理这些携心的骄兵悍将是斩帅后一棘手的难题。
袁崇焕一开始调孔、耿等人入宁远，面谕安抚，不幸不久即有己巳之变发生，袁崇焕率兵入援京师，而孔、耿等人遂逗留宁远。
袁崇焕下狱后，督师的孙承宗莅关阅将，孔、耿等人往见，孙承宗知道这些人“大猾”，“密令”孙元化好心防范，即孙元化本人也说“此数猾不可复东”
己巳之变中，鉴于岛兵缓不及事，兵部尚书梁廷栋建议尽调岛兵于宁锦助守，孙承宗认为应酌调部分兵员，不必尽徙。
刘兴治兵变平定之后，登莱巡抚孙元化清汰东江兵六千余人，并调其中精锐数千人前往登州驻防。
孙元化素来主张“辽人可用”，出抚登莱后，遂带着孔有德、耿仲明、李九成、毛承禄等毛文龙旧部相继入登州，并授以官职，统以军队，“乃用承禄为副将，有德、仲明为游击，九成亦为偏禆，且多收辽人为卒”。
登州因海外通商之故，商旅往来，富甲一方，当地辽人聚集，“恃其强，且倚帅力，与土人颇不相安，识者久忧之”。
毛文龙帐下的这些骄兵悍将长年在主帅的娇惯下，贪婪悖逆成性，“数狂悍贪樊，不知法度，视登为金穴，欲得而甘心焉”，又在登统有军队，已经有兵变的隐忧。
崇祯四年秋大凌河城被围，明廷撒孙元化调发登莱援兵泛海进兵耀州盐场堡，以为牵制。
统率援兵千人的游击孔有德诡言海上有飓风栏阻，逗留不前，乃命从陆上赶赴宁远。
十月二十七日，师次吴桥县，当地人“以官兵屡过驿骚，闭户拒之”，援兵无所食心皆怨，“适部卒攫鸡，与王生员相争，有德次其卒，众遂哗然”，欲回登请粮。
李九成受命买马，“所赍马价荡尽不敢归”，回至吴桥，与其子千总李应元密谋叛变。
二十八日晨，李九成父子绑缚孔有德，“首倡反谋，有德从之”。
叛兵大肆掳掠，不久，连陷陵县、商河、新城等十余城。
登莱巡抚孙元化“为间所愚，力主抚，将士皆愤，兵出被抑而还者数四”。
遣人宣谕归命，叛军佯应，因移文余大成“抚局己就，我兵不得往东一步，以致坏事”，余大成如其言，官军至黄山馆而返，孔有德却直抵登州城下攻城。
先是耿仲明兄耿仲裕因为泛海入后金从事走私贸易，为东江总兵官黄龙所杀，耿仲明怨恨不平，遂与都司陈光福等内应开东门，而先前被孙元化放入的张焘部诈降兵士也乘机里应外合，城池遂陷，总兵官张可大等人俱罹难，城中辽人也随同反叛，杀戮登州居民。
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