日本军方在事件发生十分钟后，就发现了信息情报中心和五岛列岛雷达站的信息传输出现了严重障碍，已经连续五分钟以上没有接收到五岛列岛雷达站的传输信号。信息技术人员不也怠慢，立即将这一情况反映给了日本防卫厅应急事件处理科，防卫厅紧急联系各部门沟通此事，造成事故的原因很快就出来了，五岛列岛上空被一团具有高磁性的云团所笼罩，疑似大气中出现极其罕见的磁爆现象。但是随着时间的推移，他们也意识到了事情的不寻常。
虽然感觉到了这一事件的不寻常之处，但是还没有人能够意识到这件事情的本身会如此的严重，严重到危害到了整个国家的安全。工信部和陆上自卫队、海上自卫队联合采取行动，应对这一罕见自然现象给各方的设备造成的巨大破坏和影响。各有关部门的业务部门都参与到的设备的检修工作中来。但是经过多方的努力还是无法解决问题。时间就这样在不急不缓中一点点过去了。
日本五大通讯公司和海上保安厅雷达和通讯二部派往五岛列岛的快艇也一去不复返，同样没有了音讯。海上自卫队大本营开始感到情况不妙了，遂向五岛列岛派出了一艘小型护卫舰队，而陆上自卫队的二架武装直升机也被派遣了过去。
护卫舰队刚派出不久，日本情报本部等多个部门都侦听到了北朝中央电视台和中央广播电台的新闻公告，这一情况有如炸弹一样将侦听部门的工作人员炸了个外焦里嫩。有关这一消息的情报如雪片般集中到了首相野田和防卫厅长官的案头。日本内阁各部门是一阵大乱，各类分析和论证会议急急忙忙地召开。日本国家战略应急会议也在这忙碌中匆忙地召开了。
日本海上自卫队大本营得到这一情报后，立即致电这支护卫舰队，要警告其注意防范来自岛上的导弹袭击。但是悲哀的是，这支舰队刚好进入电磁屏蔽区，海上自卫队大本营再无无法联系上这支护卫舰队了。
日本的各部门和分析会议都无法给出具体的结论，现在他们唯一能做的就是调查事件的真实性。所以各部门开始了总动员，一切能使用的手段都搬了出来，卫星侦查，有线电话，无线电报，甚至最原始的信鸽通讯都使用上了，九洲岛的渔业管理部门和旅游管理部门向五岛列岛不断地派出民用船只，希望和五岛列岛能够取得联系，可惜所有手段都没有达到目的。
日本陆上自卫队派遣了两架F-4E侦察机，美军在佐世保的海空军基地也派出了两架E-3侦察机飞临五岛列岛上空对五岛进行侦察，但是各种仪器都无法穿透密集的电磁云层，四架侦察机也是无功而返。
紧接着各国首脑和国防部、情报部门的求证电话不断，让野田等内阁成员不胜其烦。刚开始还能够耐心地做一些解释，可是随着求证国家的增多，他们提出的问题也越来越刁钻，内阁成员们也无法回答，所以日本外务省和防卫厅制定了一个统一的官方言辞回复各国的询问。
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