在大圣杯解体之后，来自于魔术协会。以及圣堂教会等等不同势力的野心家们开始勾结，一起联络，共商恢复大圣杯，与此同时。继续采用圣杯战争的方式，获得对大圣杯许愿的权利。
而在解体了大圣杯之后，卫宫士郎游历世界，开始多管闲事，到处惩强扶弱，但实际上。很多被救者都将他当成傻子，恩将仇报不计其数，也幸亏他成为了强大的魔术师，并且拥有阿瓦隆的剑鞘，可以恢复伤势，常规的受伤，几乎并不会对他造成影响，否则，他英雄之旅，肯定会成为花样作死之旅。
远坂凛则是前去英国时钟塔深造学习，尽管身为人妻，但她还是非常好学，对于魔术知识是孜孜不倦，也拥有成为魔法使的梦想。
在大圣杯被破坏不久，反派间桐脏砚出现，这些年假死，身体化身成为虫子的间桐脏砚，身体从一堆虫子中重组成人形。
接下来，间桐脏砚向接见魔术协会的一些代表，向他们介绍大圣杯的历史和构建，在间桐脏砚这个怪物的介绍下，几名强大的魔术师迅速的上钩，开始成为帮凶，帮助他重建大圣杯。
在远坂凛和卫宫士郎不知情的情况下，间桐脏砚等人开始恢复了大圣杯，并且，启动了第六次圣杯战争！
间桐樱知晓老怪物脏砚现身，试图阻止他的阴谋。
间桐樱早就不是吴下阿蒙，原本被圣杯碎片改造成隐藏的小圣杯的间桐樱，在第五次圣杯战争的黑泥污染下，间桐樱拥有不亚于老怪物脏砚的力量。
但是，老怪物间桐脏砚利用间桐樱的心理弱点，告诉她，如果间桐樱加入他的计划中，以她强大的力量，必然会成为圣杯的胜利者。届时，作为胜利者，间桐樱可以许愿，让卫宫士郎改变心意，甩掉远坂凛，跟樱在一起。
这这个劝说，让本来就有点黑化的樱还是加入了反派联盟中。
但这一次圣杯战争也出了更大的状况，早期的圣杯战争主要是阿赖耶侧的英灵之间进行圣杯战争。阿赖耶是人类意识构成的抑制力，从无到有，随着人类的崛起，越来越成为凌驾于神灵之上的存在。
而更古老的抑制力之一盖亚，则是通过根源去预测，发现了随着人类崛起，她迟早会被毁灭。各种各样的地球毁灭，以及摧毁盖亚抑制力的死法。这让盖亚不由的恐惧人类，从而发动了毁灭人类的行动。
借助大圣杯的修复，第六次圣杯战争由于盖亚的干涉，变得面目全非。召唤出来的再也不是人类为主的英灵，而是传说中的人类天敌——丧尸、吸血鬼、恶魔、巨龙、灵长类杀手等等非人类存在。
所以，第六次圣杯战争一开始就是失控的，这些魔术师召唤出来的东西，都是盖亚意识干涉，前来毁灭人类的怪物。
作为最古老的抑制力，盖亚本身就是地球的意识，按照正常的规则，任何一种地球上的生物，威胁到她自身生存，盖亚自然会发动清理。简单说，盖亚判断出人类威胁了星球生存，因此，才能够行使自己的权利——清理人类！即使不能把人类全部消灭，也至少将数量消灭到可控范围内，人类文明自然也必须要全部摧毁，让人类进入原始状态，这样就不再能威胁盖亚自身的生存了。
只不过，人类跟其他生物不同，随着人类的发展和壮大，居然诞生了另外一大抑制力阿赖耶。阿赖耶是人类共同意识组成的抑制力，平时并不能够干涉世界，一旦遇到了威胁人类生存的事物，阿赖耶则可以进行干涉。
按照型月世界的设定，正是阿赖耶和盖亚形成了一个微妙的平衡，所以，本该被星球清理掉的人类，居然发展到现在这个程度。人类对盖亚来说，如同是威胁生命和健康的病毒，这个病毒现在一名覆盖了星球表面，而且，人类对于星球内部、海洋还是非常感兴趣，正是因为人类的破坏力，让盖亚忍无可忍，下定决定借助第六次圣杯战争清理掉这些她身体上的病毒和细菌。(未完待续。)
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