9月3日。
美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市·学芸都市。
白天——
因为学院都市组织的广域社会调查的活动，御坂美琴、白井黑子、初春饰利、佐天泪子四人来到了美国的学芸都市。
四人在岛上与白人女导演毕芭利·希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学芸都市的空中防卫队“拉碧塞飞行队”进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
奇异的飞行器在战斗中被击毁。
晚上——
对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学芸都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施“lagelance（大发射架）”内部，并见到了白天所击毁飞行器“云海之蛇”的残骸。
两人在设施内部遭遇“工作人员”奥莉弗·赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日。
白天——
在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子（穿着学院都市特制泳衣）的骚扰。
独自在外面的佐天泪子被“云海之蛇”的驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣。
买泳衣途中的佐天与毕芭利·希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
“云海之蛇”再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将席琪桃尔带回。
晚上——
美琴、黑子、白井三人品尝着晚饭后的甜点。
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定重回“lagelance（大发射架）”内寻求答案。
佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被“工作人员”奥莉弗逮住。
9月5日
白天——
因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有“读心能力”的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密“处理掉”。
在最危急时刻下的佐天被乘坐“云海之蛇”而来的席琪桃尔所救，并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用“太阳之蛇（魔法兵器）”发动对学芸都市的毁滅性打击。
晚上——
安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人。
奥莉弗·赫丽德带领特种兵突袭了佐天的房间，不过却被美琴和白井击溃。
在美琴的请求下，奥莉弗答应疏散滞留在学芸都市的全部游客。
学芸都市的高层“经营团队”五人受到了亚雷斯塔的警告。
9月6日。
避难警报拉响，学芸都市的游客开始登上大型救生艇“红鲑”上逃亡。
学芸都市“拉碧塞飞行队”与“有翼者的归还”展开全面战斗，美琴和白井两人则准备击毁“太阳之蛇”。
在美琴与黑子的攻击下，从天空俯冲而来的三架“太阳之蛇”被毁，但最后也是最具破坏力的第四架“太阳之蛇”却从天而降。
在乘坐“云海之蛇”席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的“太阳之蛇”残骸上面。
通过发动能力对水分子的操控，美琴成功的制造出了一对“水之翼”，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架“太阳之蛇”，两人随即展开激战。
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