他曾建一座藏经楼名「华藏阁」，阁楼之下有水，水面上植有大莲华，而且塑着毗卢如来圣像端坐莲华之上，他每天面对佛像修禅观，有时候入定经过三、五天才出定。
大元皇太后仰慕他的德名，三次下懿旨召见，但他无意功名，也自认不善奉迎权贵，因此都没有遵旨入宫。当朝皇帝又以「五路总摄」的僧官职位相授，他又坚决地谢辞了不愿接受。
成宗皇帝驾临五台山，对他礼遇有加，至为看重。
他临圆寂前夕，对寺众们说：
「无尽刹海，不离当处；妄情未破，悟入无时。」
门下弟子法忍法师问：
「未知上人现在向什么地方去呢？」
他回答：
「虚空剖出一茎骨。」
意义颇深，门下徒众再次乞求示偈以解众人迷津，于是他写下了这几句——
「历劫本无去住，应用何思何虑？转身踏破虚空，一切是非不顾。」
就这样安祥地示寂了，示寂之日在他书写过的几桌上显现出龙瑞，还现出五彩的光芒照耀在庭院之内。
示寂后经三天，三昧真火**其体，门下弟子检拾到不少舍利，并建塔供藏。
虚空之中，法身遍布马祖道一禅师有一次在打坐时，忍不住朝佛像身上唾了一口痰。侍者见其情景很不以为然，急忙问道：“老师！你为什么要把痰吐在佛像上面呢？”道一禅师立刻咳嗽了两声，反问侍者道：“虚空之中，到处都有法身，我现在还要吐痰，你告诉我，我的痰往哪里里吐呢？”侍者茫然不知。又有一次，道一禅师用很不高兴的样子朝虚空吐了一口痰。侍者又很不解地问道：“老师！方才吐痰为什么要生气呢？”马祖禅师解释道：“我在这里打坐，虚空之中，山河大地森罗万象都显现在眼前，叫人觉得厌烦，所以我就忍不住要唾痰。”侍者不解道：“那一切都是修证的瑞相，可以说是好事，老师为什么要厌烦呢？”马祖道：“就你来说固然是好事，可是对我而言却是很讨厌！”侍者茫然不解地问道：“这是什么境界？”马祖答道：“菩萨境界！”侍者皱起眉头，摇摇头，表示不懂，说道：“这种境界真令人难以懂得。”马祖道：“因为你是人，不是菩萨。”侍者问道：“菩萨不是名为觉有情吗？”马祖终于呵斥道：“因为你是一个拘谨不觉的傻瓜，怎能称做觉有情？”在马祖道一禅师的呵斥下，侍者终于有所体悟了。
一般人尊敬佛像，其实并没有认识佛，因为佛的法身遍满虚空、充实法界，马祖虽将痰吐在佛像身上，这表示他已经认识诸佛的法身，已经无处不遍、无处不在了。
一般人禅坐的时候，大都欢喜见到瑞相，以增加信心，而马祖讨厌所见，这正表示灭除宇宙间的差别现象而归于平等，灭除人我对待而归于统一，侍者拘于俗见，难怪要被斥为不觉的傻瓜了。
执理废事出不了六道轮回
「妙宗钞云」,《妙宗钞》是四明尊者《观无量寿经》的注解,他的注解叫《妙宗钞》「取舍若极,与不取舍亦非异辙」,这句话意思讲得深下面,「设不从事取舍,但尚不取不舍,即是执理废事」,为什??大乘佛法所说的万法皆空,性相一如,理事不二,有取有舍就是有分别,有执著,你就错了,真正契入不二法门哪里有取舍!理是没错,理上讲得通,那事上怎??你的烦恼习气没断,你没有大彻大悟,你这个是解悟,不是证悟解悟你得不到受用,你所讲的是诸佛菩萨的境界,可是你自己还在起心动念都不善,你还在造业,那你学大乘佛法也在造业,这个不能不知道执理废事,执事废理都是大错特错!「既废於事,理亦不圆若达全事即理,则取亦即理,舍亦即理一取一舍,无非法界」「《要解》之说,事理圆融,妙契中道」大乘经怎?去读,怎样去学?所以古人读大乘没有问题,今人读大乘问题很大,为什??读大乘之后执理废事古人为什?没有问题?古人从小那四个根扎得稳,他所读的大乘经跟事融成一体了不像现在人读大乘,理是理,事是事,理好像讲得头头是道,事依旧是造作罪业,心里还是贪?痴慢疑,还是怨恨恼怒烦,做的事情还离不开杀盗淫妄酒虽然没有杀生,杀的习气没断,杀的念头没断;虽然没有偷盗的行为,盗心没断,盗心是什??总想占一点便宜所以理说得再好,行跟理不相应,心行不相应,最后还是堕三途,出不了六道轮回所以真正通达明白,我都明白了,我不到极乐世界去,在这个地方修行,烦恼习气断不掉,你要想到这一点,那我还是要去,我到极乐世界去,我理事就圆融了在这个地方是决定圆不了的,不是执理废事,就是执事废理执事废理是小乘,大乘是执理废事这是什??偏在一边,不是中道,菩萨行的是中道中道是什??理事圆融极乐世界是大乘,是一乘,它讲圆融,它讲事事无碍,理事无碍这个境界即使在极乐世界凡圣同居土你就见到,为什??阿弥陀佛本愿威神功德的加持,你能享受到;换句话说,过菩萨的生活,不是凡人,事事无碍的境界弥陀天天在教学,你到极乐世界去,你学习不会中断,无论在什?地方,行住坐卧都不离经教;无论在什?地方,你听到阿弥陀佛说法的音声你想听什?经,你听的就是你所想像的这个经典;你想学什?东西,你所看到的,所听到的,所接触到的正是你想学的所以无比殊胜修学的道场到那边去作佛,稳稳当当,其他地方哪有这样殊胜的缘分!
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