一个神秘线人通过公用电话向亚历克斯提供了关键情报－－－军方的重装备和火力已经迫使变异怪物无法在地表立足－但是它们转入纽约复杂的地铁和下水道系统之后，反而使人类的清剿部队陷入了游击战的泥潭之中。如果亚历克斯可以把军方最新研制的“血毒”（x）解毒剂带入地下，就能把怪物们逼出地表，从而达到歼灭目的。
亚历克思不仅成功履行了这一任务，还击杀了怪物们的首脑伊丽莎白。在将伊丽莎白吸收后，亚历克斯获知黑色守望打算发射核弹，摧毁整个纽约。在经过和超级猎手的最终决战后，亚历克思消灭了黑色守望的野心家们，驾驶着直升机把核弹投入了大西洋，自己也因为核爆粉身碎骨，其中有一片残骸飞入曼哈顿岛，被一只乌鸦啄食。
谁知病毒却吞噬了乌鸦，亚历克斯二度复活。生化暴乱平息后，亚历克思离开了纽约，开始环游世界，并且了解人类。在旅途的过程中他看透了人类的丑恶，对人类彻底丧失了信心。他在二代中组建自己的进化体大军，大肆向外界扩散病毒，其实是给人类提出了一种能够彻底保护他们的“终极方案”－－－如果人类全部感染病毒成为进化者后，就可以消灭等级和阶级，做到人人平等，不再有疾病困扰，也不再有纷争和利益所导致的冲突。尽管听上去十分牵强，但这确实是官方的“亚历克思变成大魔头”的原因。
也就是说。虐杀原型2实际上就是因为一只害死人不偿命的乌鸦点燃的导火索，听上去有些操蛋，不过游戏房给出的消息就是如此，轩辕擎天也没得办法！
轩辕擎天在进入虐杀原型2。一定会被限制各种各样的能力，毕竟以他本身的能力别说是一个亚瑟，就算是三四个也绝对不会是他的对手、按照超能游戏空间系统的习惯，只要是天启者严重高于对方的实力就会被压制，轩辕擎天自然是学会了如何预防这一类的现象。比如说提前兑换好枪支弹药，然后安排现实世界里面的所有事宜，之后才会进入到虐杀原型的场景游戏里面。
说实话，虐杀原型2要比虐杀原型1精彩，里面不只是增加了好多种生化物种怪物，更是将主角的技能都升级了好多遍。恰恰轩辕擎天被系统提前赋予了吞噬的功能。而这个吞噬可不是亚瑟感染的子体。而是正儿八经的母体。可能是因为美国的英雄主义或者是游戏的必须过程，最后的=通关任务是主角与亚瑟的决斗，在轩辕擎天看来。母体的各方面能力绝对会比子体强上不知一倍，更何况，那个时候亚瑟已经具备了一大批追随他的手下，而且还都是被感染的。这个任务就显得很难完成。当然，游戏就是游戏，没什么好解释的！
眼神闪烁了几个来回，轩辕擎天为了保险起见，将虐杀原型2里面的所有变异生物全都了解一边，这样可以更好的完成超能游戏空间系统的任务。
相比较虐杀原型一，无论是怪物还是能力都有很大的提升。
怪鸟：飞鸟是自纽约第二波生化事件爆发以来新出现的物种。这些秃鹫似的怪物到处散播瘟疫。攻击一切地面和空中的可见生物。这种怪物最喜欢的攻击手段就是成群结队的进行高空俯冲式进攻。 会攻击直升机，对其伤害较大。这个怪物基本上不会出现，一般可以用直升机或者鞭子解决s elle在与bss的战斗中只是限制于一座高楼的阳台之上，周围有很多这种怪鸟，只是伤害并不是很高，消灭起来也不算是很困难，无论是进化者变身为鞭型还是毁灭者形态，都可以轻松的搞定，难度不大。
九头蛇：海德拉九头蛇是一种三层楼高的巨大触手，随时可能从地面下冲出来猛烈击打附近的敌人。它们还能在地下挖掘，以到达更有利的地形，有时候会突然从坦克、建筑物下方窜出来。对付这一种生化怪物，恐怕也就只有火箭筒或者是坦克，亦或者飞机都可以，但大多数情况都是以坦克和火箭发射器来消灭，难度系数跟怪鸟不是一个层次的。
主宰者：虽然被感染之前也是普通人，但这些怪物如今却有着小卡车似的身躯，当然了，也有着小卡车似的抵抗力。主宰是黑光军团中的坦克——移动缓慢，力量巨大，抵抗力强。他们用那双巨大的拳头攻击，双拳合并时防御力极强，身上的皮肉能偏斜几乎所有的攻击手段。比较难对付，轩辕擎天将主宰者和九头蛇后面都标记了信号。
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